Zbirka rukopisa Znanstvene knjižnice broji 953 naslova. Među raritetima se ističu beneventanski rukopis na pergameni iz 10. stoljeća, Dragomirov Osmoglasnik iz 14. stoljeća, te autografi dubrovačkih književnika ili znamenitih osoba na latinskom, talijanskom ili hrvatskom jeziku poput Ignjata Đurđevića, Damjana Beneše, Junija Palmotića, Rajmunda Kunića, Ruđera Boškovića i drugih.
